Die erste Abteilung enthält sämtliche philosophischen, ökonomischen, historischen und politischen Werke, Schriften, Artikel und Reden von Marx und Engels sowie überlieferte Vorstufen und spätere Bearbeitungen einschließlich der von Marx und Engels selbst angefertigten Übersetzungen. Ausgenommen bleibt Marx’ Werk „Das Kapital“ mit den direkt dazu gehörenden Vorstufen. Alle Schriften werden in den Originalsprachen und in allen autorisierten Fassungen (einschließlich Übersetzungen) zugänglich gemacht. Überlieferte Manuskripte (Planskizzen, Entwürfe, Fragmente usw.) einschließlich ihrer innerhandschriftlichen Textentwicklung finden ebenfalls Aufnahme. Die erste Abteilung wird insgesamt 32 Bände umfassen.
Die zweite Abteilung vereint Marx’ Werk „Das Kapital“ in seinen autorisierten Ausgaben, einschließlich Übersetzungen, und alle direkt dazugehörenden Werke und Manuskripte, beginnend mit den ökonomischen Manuskripten von 1857/1858. Erstmals werden damit alle ökonomischen Manuskripte von Marx vollständig dargeboten. Ebenso werden die von Engels aus den Marxschen Manuskripten erarbeiteten und herausgegebenen Fassungen des zweiten und dritten Bandes des „Kapital“ veröffentlicht. Die zweite Abteilung umfasst 15 Bände (18 Teilbände) und wurde 2012 abgeschlossen.
Die dritte Abteilung umfaßt den gesamten überlieferten Briefwechsel von Marx und Engels: die von ihnen geschriebenen und die an sie gerichteten Briefe in chronologischer Reihenfolge. Die Bände 1 bis 13 der Abteilung mit dem Briefwechsel bis Dezember 1865 sowie Band 30 liegen vor, die anschließenden Jahrgänge werden in digitaler Form publiziert (MEGAdigital).
Die vierte Abteilung enthält Exzerpte, Notizen und Marginalien. Die Exzerpthefte und Notizbücher des Frühwerks, die Londoner Hefte, die ökonomischen Krisenhefte, die agrarökonomischen, geologischen und chemischen Exzerpte werden in Buchform (insgesamt 18 Bände), die übrigen Exzerpte in digitaler Form publiziert (MEGAdigital).